鄂尔多斯无人机公司办理运营合格证，可按以下步骤进行：

准备申请材料：

填写完整的申请表，包括企业基本信息、运营计划、安全措施等内容。

提供运营单位的营业执照、法定代表人身份证明等资质证明文件。

准备无人驾驶航空器的技术规格、性能参数、控制系统等信息，以及无人机的购买合同、租赁合同等文件。

提供飞行人员的驾驶证、培训证书等资质证明文件。

制定运营单位的安全管理制度和应急预案，以确保运营活动的安全性和可靠性。

根据具体要求，可能还需要提供场地证明、保险证明等其他相关材料。

在线申请：登录民用无人驾驶航空器综合管理平台，注册并登录单位账号（若已有账号可忽略）。进入运营许可模块，点击 “初始合格审定申请”，点击 “新建”，进入民用无人驾驶航空器运营合格证书申请界面，按要求填写带 * 号的必填字段，包括申请人信息、运营信息、无人机型号、风险评估信息等，并上传相关附件材料。

提交申请：将准备好的申请材料提交至所在地的民航地区管理局。鄂尔多斯市的无人机公司一般向华北地区民航管理局内蒙古监管局提交申请，地址是内蒙古自治区呼和浩特市白塔国际机场航管楼，联系电话：0471 - 4941180。

审核阶段：民航管理局将对提交的材料进行审查，审查过程包括初审和现场核查两个环节。初审主要是对申请材料的完整性和合规性进行检查。通过初审后，管理局会安排现场核查，对企业的实际运营情况、无人机设备、技术人员资质等进行实地检查。

审批与发证：经过初审和现场核查后，民航地区管理局会将合格的申请上报至中国民用航空局进行审批。中国民用航空局将对申请进行最终审查，并综合考虑国家安全、航空秩序、公共利益等因素做出审批决定。审批通过后，颁发无人机运营合格证。

公告与备案：领证后，企业需按照规定进行公告和备案手续。